Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) menilai bahwa organisasi Khilafatul Muslimin bukan organisasi teroris. Menurut Kepala BNPT Komjen Boy Rafli Amar, Khilafatul Muslimin belum dinyatakan sebagai organisasi teroris, Melainkan, masuk dalam kategori organisasi intoleran.
